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PyMOLでリボンモデルをRibbons風に表示する方法

PyMOLで、タンパク質や核酸のリボンモデルをRibbons風に表示するスクリプトを書きました。興味のある方はこちらからダウンロードしてください。PyMOLを立ち上げて分子を表示し、メニューバーから Display > Background > White を選択して背景を白色にします。あとは、File > Run… を選択してスクリプトを読み込めば Ribbonsソフトウエアで表示されるようなリボンモデルが表示されるはずです。

ray 1000,1000

でレンダリングした例を下に示します。

PyMOLデフォルトの表示

PDBID: 1Q3L PyMOLデフォルトの表示

Ribbons風の表示

PDBID: 1Q3L Ribbons風の表示

Ribbonsでの表示とまったく同じではありませんが、かなり近い感じではあると思います。参考までにいくつか例を示します。

PDBID: 3AFA nucleosome core particle

PDBID: 1KN0 DNA repair protein RAD52

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複数のファイル名を変更する方法

複数のファイルの名前を一度に変更する方法は色々あります。X線結晶構造解析では、何百枚ものイメージデータを取り扱いますので、この方法を知っておくと便利です。App Storeの中を “file rename” で検索すると、それを専門に行うアプリが沢山見つかります。アプリの他に、ターミナルで行うこともできます。例えば Z Shell では、環境設定ファイル（~/.zshrc）に、

autoload -U zmv
alias mmv='noglob zmv -W'

上記の2行を追加することで、mmv というコマンドを使って簡単に複数のファイル名をまとめて変更できます。例えば、dataset_00001.img, dataset_00002.img, …, dataset_00180.img の180個ファイルの名前を lysozyme_00001.img, lysozyme_00002.img, …, lysozyme_00180.img に変更したい場合、

mmv dataset_*.img lysozyme_*.img

上記のコマンドでできます。先日、学生にファイル名に含まれる数字をずらす方法がないかと聞かれ、色々試した結果、これも簡単にできることが分かりました。

for n in {001..180}; mv dataset_00$n.img dataset_00$(( $n+90 )).img

上記のコマンドは、dataset_00001.img, dataset_00002.img, …, dataset_00180.img を、dataset_00091.img, dataset_00092.img, …, dataset_00270.img に変更します。便利ですね。