PyMOLで、タンパク質や核酸のリボンモデルをRibbons風に表示するスクリプトを書きました。興味のある方はこちらからダウンロードしてください。PyMOLを立ち上げて分子を表示し、メニューバーから Display > Background > White を選択して背景を白色にします。あとは、File > Run… を選択してスクリプトを読み込めば Ribbonsソフトウエアで表示されるようなリボンモデルが表示されるはずです。
ray 1000,1000
でレンダリングした例を下に示します。
PyMOLデフォルトの表示
Ribbons風の表示
Ribbonsでの表示とまったく同じではありませんが、かなり近い感じではあると思います。参考までにいくつか例を示します。