Phenix は、位相の決定からモデルの精密化までのプロセスをほぼ自動で行うソフトです。SOLVE/RESOLVE や CNS の開発者がこのソフトの開発に関わっています。私は主にモデルの精密化に使っていますが、CNS や Refmac では得られない良好な statistics が得られています（私の CNS と Refmac の使い方が下手だけなのかもしれませんが）。また、Coot と PyMOL との連携がしっかりしていて、精密化途中の電子密度マップが Coot で表示されたり、精密化終了後に自動で 2Fo-Fcマップと Fo-Fcマップが（Coot または PyMOL で）表示されたりします。精密化終了後に手動でモデルを修正する場合にとても便利です。とても優れたソフトだと思います。

Phenix を使用するには、ホームページの “request download password” のリンクをクリックし、Eメールアドレスなどの情報を登録します。ダウンロードページの url とパスワードの情報を含む Eメールが送られてきますので、ダウンロードページに入ります。

“Latest official release” の “Download” をクリックします。

“point-and-click installer” と “command-line installer” の両方をダウンロードしてください。少し時間がかかると思います。前者は、Phenix をアプリケーションフォルダにインストールします。このバージョンの Phenix は、立ち上げや操作にターミナルを必要としません。

後者のインストーラーは、ターミナル（または iTerm）で操作するバージョンの Phenix を /usr/local にインストールします。インストールを実行するには、解凍したインストーラーのフォルダに、ターミナル（または iTerm）から入り、以下のコマンドを実行します。

./install

インストールが終了したら、Z Shell の環境設定ファイルを確認します。

cdzu

mate local_xtal_environment

Phenix の環境設定の部分を見て、バージョンの番号がインストールしたそれと一致しているか確認します。

インストールしたバージョンの番号確認するには、以下のコマンドを実行します。

ls /usr/local/

バージョンの番号が一致しない場合は、（2箇所）修正して保存します。

 

最終更新日：2012年12月30日