Coot（Crystallographic Object-Oriented Toolkit）は、モデル・ビルディングと構造解析に用いるソフトウェアです。O や Turbo Frodo など、他のモデル・ビルディング・ソフトウェアとは違って Coot はベータ版ですが、とても使いやすく安定でクラッシュすることは（少なくとも Mac では）ほとんどありません。

インストール方法

Coot はオープンソースであり、Fink を用いてインストールできます。Coot は非常に多くのソフトに依存しています。Coot および Coot が依存するソフトをインストールするのに、Mac Pro（Mac の最上位機種）でも半日ぐらいかかります。MacBook Pro や MacBook Air に Coot をインストールする場合は、1日ほどみておきましょう。インストールの途中でパソコンをスリープさせても大丈夫です。スリープ解除後、自動的にインストールが再開されます。インストールを開始するには、ターミナルを立ち上げて以下のコマンドを実行します。

fink install coot

上記のコマンドを実行すると、まず始めに Coot および Coot が依存するソフトのソースコードが順々にダウンロードされます。ダウンロードが完全に終わるまでは、コンピュータから離れない方が良いでしょう。サーバーアクセスの問題により、ソースコードのダウンロードに失敗し、インストールが途中で止まってしまうことがあります。

curl: (22) The requested URL returned error: 404
### execution of curl failed, exit code 22
Downloading the file "tcl8.5.13-src.tar.gz" failed.

(1)	Give up
(2)	Retry the same mirror
(3)	Retry another mirror from your country
(4)	Retry another mirror
(5)	Retry using next mirror set "sourceforge"

Default answer will be chosen in 120 seconds...
How do you want to proceed? [3]

この場合は、5 を選択してください。Fink のサーバーアクセスの問題については Fink のページの下の方にも書きましたので、ダウンロードがうまくできない場合はそちらもご参照ください。ダウンロードがすべて終われば、インスールが自動的に始まります。その時点でコンピュータの前を離れても大丈夫です。

Coot の外観を変更する

Coot の外観（ウインドウ内のボタンなど）を変更することができます。良ければこちらのファイルをダウンロードし（ control + クリック > 「リンクされたファイルを”ダウンロード”に保存」）、以下のコマンドを実行してください。

cp ~/Downloads/gtkrc-2.0.txt ~/.gtkrc-2.0

Coot を立ち上げると、以下のように見えるはずです。

 

最終更新日：2012年12月30日